パナマ運河庁（ACP）は、2023–24年の水不足の教訓を踏まえた予防措置として7月1日からネオパナマックス閘門の最大喫水を引き下げると発表。ただちに影響は生じないとしているが、現在の通航量がピークにあるため懸念が残る。
これは、ガトゥン湖の水位予測と過去の経験に基づく「予防的判断」であるが、5月中旬までは制限不要と見ていたが、NOAAは「スーパー・エルニーニョ」の可能性を指摘し、過去の大規模発生（1997/98、2015/16）を引き合いに出して警戒を促しているため、状況が変化した。
2023–24年のエルニーニョでは喫水が43–44フィート、最終的に38.5フィートまで低下したため、その後は喫水ではなく通航枠の削減に切り替えた。この結果として大幅な遅延が発生し、大型コンテナ船は貨物を陸送で移す必要が生じ、Maerskはルートを一時停止した。
2026年の通航量は、ホルムズ海峡の閉鎖や中東供給減少により、タンカー・LNG船がアジア向け輸送を増やしているため前年比8%増となっている。6月5日時点で、予約船58隻、非予約船9隻となっており、非予約・南行きの平均待機10.6日、北行きは2.2日（5月中旬には13.6日）となっている。
加えて、ガトゥン閘門東側がメンテナンスのため6月9〜17日の間、閉鎖され、単線運用となるため通航枠は 16隻/日 に減少（通常は最大40隻）。待機船の増加が確実視されている。
“Panama Canal Preemptively Lowers Draft Levels Due to El Niño Forecast,”(Published Jun 5, 2026 3:21 PM by The Maritime Executive)